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En analysant des données de re-séquençage du génome entier chez 48 espèces de Vitis d'Amérique du Nord, cette étude révèle que l'introgression est répandue, façonne la distribution géographique et les marges écologiques, et constitue le principal moteur de l'adaptation parallèle au sein de cette radiation évolutive.
En combinant des analyses développementales, ultrastructurales et connectomiques sur les yeux cérébraux de *Malacoceros fuliginosus*, cette étude révèle que la diversité oculaire chez les annélides résulte d'une duplication ancestrale précoce d'un œil cérébral, donnant naissance à plusieurs paires d'yeux rhabdomériques inversés aux fonctions spécifiques selon les stades de développement.
En étudiant des mutations bénéfiques du Long-Term Evolution Experiment (LTEE) d'Escherichia coli, cette étude démontre que les effets de fitness dépendants de la fréquence sont omniprésents et souvent négatifs, remettant ainsi en question l'hypothèse d'une sélection constante et révélant des interactions subtiles capables de modifier fondamentalement les trajectoires évolutives.
Cette étude démontre que l'épissage alternatif façonne le dimorphisme sexuel chez les phasmes *Timema* et s'érode lors de la transition vers l'asexualité, suggérant ainsi que la sélection sexuelle est essentielle au maintien de la complexité des isoformes.
Cette étude génomique révèle que le cténophore *Mnemiopsis leidyi* comprend en réalité deux espèces distinctes, *M. leidyi* et *M. gardeni*, qui ont divergé durant le Pléistocène sous l'effet des changements climatiques et océanographiques, mettant ainsi en lumière les mécanismes de spéciation et d'adaptation dans le milieu pélagique.
Cette étude présente wQFM-GDL, une nouvelle méthode open source qui améliore considérablement l'inférence précise d'arbres d'espèces à l'échelle du génome en présence de duplications et de pertes de gènes, surpassant les approches existantes comme ASTRAL-Pro3 sur des jeux de données massifs grâce à une réingénierie algorithmique des cadres QFM.
Cette étude démontre que les balayages sélectifs doux prédominent chez le moustique *Aedes aegypti*, révélant une capacité d'adaptation rapide aux stress environnementaux comme les insecticides et soulignant la nécessité d'utiliser des méthodes de détection capables de distinguer ces mécanismes pour améliorer les stratégies de contrôle vectoriel.
Cette étude pionnière utilise le séquençage de l'ARN à l'échelle cellulaire unique pour révéler la diversité transcriptionnelle et fonctionnelle des coelomocytes de l'holothurie *Holothuria forskali*, permettant d'identifier dix populations cellulaires distinctes, dont des cellules souches potentielles et des caroténocytes, et d'éclairer les mécanismes immunitaires chez les holothuries.
Cette étude démontre que l'évolution adaptative de la Topoisomérase II chez *Drosophila simulans* crée une incompatibilité génétique létale avec *D. melanogaster* en empêchant la résolution du stress topologique induit par un satellite d'ADN spécifique, conduisant ainsi à l'isolement reproductif entre ces deux espèces.
Cette étude révèle que le cilié *Paramecium sonneborni* a surmonté les barrières d'espèces habituellement infranchissables en accumulant des introgressions génomiques massives et répétées de lignées très divergentes, un phénomène rendu possible par la séparation des fonctions somatiques et germinales qui permet l'élimination de l'ADN étranger au niveau somatique tout en conservant la fertilité des hybrides.
Cette étude révèle la co-infection préhistorique d'un individu italien par *Yersinia pestis*, *Erysipelothrix rhusiopathiae* et le virus de l'hépatite B, fournissant la plus ancienne preuve de la peste en Italie et élargissant la compréhension des dynamiques de transmission des zoonoses en Europe durant le 3ᵉ millénaire av. J.-C.
Cette étude présente le modèle « covariomorph » dans RevBayes, qui étend le modèle covarion aux données morphologiques en permettant des variations de taux spécifiques aux lignées et aux caractères, améliorant ainsi la précision de l'inférence phylogénétique par rapport aux modèles traditionnels.
Cette étude démontre que le sauvetage évolutif d'une espèce consommateur face à un changement environnemental brutal dépend non seulement de la nature des traits écologiques affectés et de l'architecture génétique, mais aussi de l'histoire de vie résidente de la population, rendant insuffisante la seule mesure du taux de croissance intrinsèque pour prédire les probabilités de persistance.
Cette étude réalise la première analyse à l'échelle de la population des insertions d'endovirus endogènes non référencés chez 163 souris domestiques sauvages, révélant une diversité structurelle majeure et des dynamiques évolutives distinctes, notamment l'introgression adaptative du locus Fv4 conférant une résistance aux virus de la leucémie murine.
Cette étude démontre que l'évolution de la taille de la rosette et de la résistance aux herbivores chez *Fragaria vesca* dépend fortement du contexte environnemental, où l'interaction entre la sélection directionnelle et la structure génétique varie selon les sites et les conditions de précipitations, rendant difficile la prédiction des trajectoires évolutives face aux changements climatiques.
En intégrant des données génomiques et transcriptomiques, cette étude révèle que les oscillations géoclimatiques et l'introgression adaptative réciproque ancienne, ciblant des gènes liés à l'immunité et à l'osmorégulation, ont façonné l'évolution et favorisé la persistance des espèces de *Coilia* menacées malgré leur séparation à long terme.
Cette étude génomique et lipidique de *Stemona* révèle comment la différenciation des acides gras entre les élaïosomes et les graines, médiée par des gènes spécifiques, permet la production de composés attractifs pour les guêpes, éclairant ainsi l'évolution de la dispersion par les guêpes à partir d'ancêtres à dispersion par les fourmis.
Le modèle PEINT, un cadre d'apprentissage profond novateur qui intègre les interactions complexes entre sites et les dynamiques d'insertion-délétion directement à partir de séquences brutes, permet de simuler des trajectoires évolutives réalistes générant de nouvelles protéines fonctionnelles tout en respectant les contraintes structurelles.
En proposant un modèle de dérive pléiotropique où la sélection naturelle agit sur la taille de l'aile, cet article explique l'alignement observé entre la variance mutationnelle, la variance génétique et la divergence macroévolutrice chez la drosophile, résolvant ainsi le paradoxe des taux d'évolution sans recourir à des coûts pléiotropiques cachés.
Cette étude démontre que des données génétiques à un seul locus peuvent être utilisées pour cartographier la diversité phylogénétique mondiale des chauves-souris et identifier que les variables de température, notamment celles liées au climat passé, sont les principaux facteurs prédictifs de ces motifs de biodiversité à grande échelle.